根据多年野外调查和数据整理，在堵河源自然保护区的2539种高等植物中，有列入1999年国务院批准公布的《国家重点保护野生植物名录》（第一批）的国家重点保护野生植物26种，其中一级保护5种，二级保护21种；有国家林业局公布的《国家珍贵植物名录》的国家珍贵植物22种，有被列入1991国家环保局与中科院植物研究所合著的《中国植物红皮书》的珍稀濒危植物39种。这些植物构成了堵河源自然保护区的珍稀植物种群。下面就植物在保护区的分布现状作一简要介绍，以便在今后保护管理工作中引起重视，有重点的实施科学管理，
    1.列入国家重点保护野生植物名录（第一批）的珍稀植物
    1.1 国家一级重点保护野生植物
    1.1.1 珙桐（Davidia involucratae）：在堵河源高峰、龙石坪、屏峰等地海拔1500-2100m的山坡、沟谷地带零星分布。
    1.1.2 光叶珙桐（Davidia involucrata var. vilmoriniana）：在堵河源高峰、龙石坪、顺水坪、火田湾、长村坝、大湾、屏峰、三村河等地海拔1500-2100m的山坡、沟谷地带都有群落分布，在海拔900m的猪槽沟也有零星分布。
    1.1.3 南方红豆杉（Taxus chinensis var.mairei）：在堵河源高峰、龙石坪、顺水坪、火田湾、长村坝、墨池、屏峰等地海拔1000-2000m的山坡、沟谷地带都有群落分布。
    1.1.4 红豆杉（Taxus chinensis）：生于海拔1000-2000m的山坡、沟谷地带，在堵河源高峰、龙石坪、顺水坪、长村坝、墨池、屏峰有群落分布，在火田湾、百里河庙坪有零星分布。
    1.1.5银杏（Ginkgo biloba）：中生代孑遗植物，被誉为“活化石”。在百里河海拔1200m的山坡，墨池海拔900m、1400m的山坡生长有5株。其中3株胸径1m以上，高度18m以上。
    1.2国家二级重点保护野生植物
    1.2.1 香果树（Emmenopterys henryi）：生于海拔900-1300m的山坡、沟谷地带，在堵河源高峰、顺水坪等地都有群落分布，在百里河羚羊有零星分布。
    1.2.2 大果青杄（Picea neoveitchii）：在堵河源高峰枪刀山海拔1600-2200m的山坡上部有群落分布，分布范围十分狭窄。
    1.2.3 连香树（Cercidiphyllum japonicum）：生于海拔900-2000m的山坡、沟谷地带，在堵河源长村坝有群落分布，在高峰、龙石坪、顺水坪、墨池、大湾、屏峰有零星分布。
    1.2.4 鹅掌楸（Liriodendron chinense）：在堵河源高峰、顺水坪、长村坝、大湾、屏峰等地海拔1100-1600m的山坡、沟谷地带都有零星分布。
    1.2.5 水青树（Tetracentron sinensis）：生于海拔1100-2000m的山坡、沟谷地带，在堵河源高峰有群落分布，在龙石坪、顺水坪、火田湾、长村坝、大湾、屏峰都有零星分布。
    1.2.6 黄杉（Pseudotsugu sinensis）：在堵河源龙石坪、长村坝、大湾、民主、百里河等地海拔1000-1500m的山坡、沟谷地带都有零星分布。
    1.2.7 秦岭冷杉（Abies chensiensis）：在堵河源高峰枪刀山、顺水坪木桶扒海拔1600-2400m的山坡中上部有零星分布。
    1.2.8 桢楠（Phoebe zhennan）：在堵河源高峰、顺水坪海拔900-1400m的沟谷林中有零星分布。
    1.2.9 红豆树（Ormosia hosiei）：在堵河源桃园、桑坪、柳河、天台、白河等地海拔500-800m的山坡林中有零星分布。
    1.2.10 厚朴（Magnolia officinalis）：在堵河源高峰、龙石坪、顺水坪、长村坝、大湾、月日垭、四方扒、屏峰、百里河等地海拔800-1800m的山坡林中有零星分布。
    1.2.11 红椿（Toona ciliata）：在堵河源高峰、龙石坪、顺水坪、长村坝、大湾、月日垭、四方扒、屏峰、花坪等地海拔800-1600m的山坡、沟谷林中有零星分布。
    1.2.12 榉树（Zelkova schneideriana）：生于海拔800-1500m的山坡林中，在堵河源桃园有群落分布，在墨池、民主、洪坪、四方扒、屏峰、公祖、花坪、白河、天台、柳河、百里河有零星分布。
    1.2.13 凹叶厚朴（Magnolia. officinalis subsp. biloba）：在堵河源墨池、民主、屏峰等地海拔800-1400m的山坡林中有零星分布。
    1.2.14 野大豆（Glycine soja）：在堵河源墨池、民主、洪坪、屏峰、公祖、花坪、白河、天台、柳河、百里河等地海拔400-1100m的沟谷林中有群落分布。
    1.2.15 巴山榧树（Torreya fargesii）：生于海拔500-1500m的沟谷与山坡林中，在堵河源墨池、民主有群落分布，在洪坪、屏峰、公祖、花坪、白河、天台、柳河、百里河有零星分布。
    1.2.16 黄皮树（Phellodendron chinense）：在堵河源墨池、民主、洪坪、四方扒、屏峰、公祖、花坪、白河、天台、柳河、百里河等地海拔1000-1800m的山坡林中有零星分布。
    1.2.17 毛红椿（Toona ciliata Roem.var. pubescena）：在堵河源墨池、屏峰等地海拔400-800m的山坡林中有零星分布。
    1.2.18 金荞麦（Fagopyrum dibotrys）：在堵河源民主、洪坪、屏峰、公祖、花坪、白河、天台、柳河、百里河等地海拔500-1000m的沟边、林缘有群落分布。
    1.2.19 樟树（Cinnamomum camphora）：在堵河源墨池、民主、洪坪、屏峰、公祖、花坪、白河、天台、柳河、百里河等地海拔500-1200m的沟边、林缘有零星分布。
    1.2.20 喜树（Camptotheca acuminata）：在堵河源墨池、屏峰、百里河等地海拔900-1200m的山坡林中有零星分布。
    1.2.21 崖白菜（Triaenophora rupestris）：在堵河源白河、柳河、天台、百里河等地海拔1000-1400m的山崖上有零星分布。
    2.列入国家珍贵植物名录的珍稀植物
    除已于前述的珙桐、光叶珙桐、南方红豆杉、银杏、香果树5种一级珍贵植物，大果青杄、连香树、鹅掌楸、水青树、黄杉、秦岭冷杉、桢楠、红豆树、厚朴、红椿、榉树11种二级珍贵植物外。还有以下6种二级珍贵植物：
    2.1 杜仲（Eucommia ulmoiades）：在堵河源墨池、民主、洪坪、四方扒、屏峰、公祖、花坪、白河、天台、柳河、桃园、百里河等地海拔600-1200m的山坡林中有零星分布。
    2.2 野茶树（Camellia sinensis）：在堵河源墨池、民主、屏峰、柳河、百里河等地海拔400-700m的山坡林中有零星分布。
    2.3 麦吊云杉（Picea brachytyla）：在堵河源墨池、屏峰等地海拔1500-1900m的山坡林中有零星分布。
    2.4 胡桃楸（Juglans mandshurica）：在堵河源民主、洪坪、屏峰、柳河、百里河等地海拔600-1200m的山坡林中有零星分布。
    2.5 椴树（Tilia tuan）：生于海拔1100-1500m的山坡林中，在堵河源墨池、屏峰有群落分布，在民主、四方扒、柳河、百里河有零星分布。
    2.6 刺楸（Kalopanax septemlobus）：在堵河源墨池、民主、四方扒、屏峰、柳河、百里河等地海拔1100-1600m的山坡林中有零星分布。
    3.列入《中国植物红皮书》的珍稀植物
    除已于前述的大果青杄、珙桐、光叶珙桐、银杏、香果树、连香树、鹅掌楸、水青树、杜仲、野茶、黄杉、秦岭冷杉、桢楠、红豆树、厚朴、红椿、凹叶厚朴、野大豆、麦吊云杉、胡桃楸20种以外，还有以下19种：
    3.1 小勾儿茶（Berchemiella wilsonii）：在堵河源猪槽沟海拔900-1200m的山坡林缘有零星分布。
    3.2 青檀（Pteroceltis tatarinowii）：生于海拔600-1300m的沟谷林中，在堵河源花坪、白河、柳河有群落分布，在墨池、民主、洪坪、屏峰、公祖、天台、桃园、百里河、新街有零星分布。
    3.3 山白树（Sinowilsonia henryi）：在堵河源民主、屏峰、等地海拔800-1200m的沟谷、林缘有零星分布。
    3.4 独花兰（Changnienia amoena）：在堵河源高峰、顺水坪、屏峰等地海拔1600-2400m的沟谷林中有零星分布。
    3.5 领春木（Euptelea pleiosperma）：生于海拔1100-2000m的沟谷、山坡林中、灌丛中，在堵河源高峰、顺水坪、长村坝、屏峰有群落分布，在民主、四方扒、百里河有零星分布。
    3.6 猬实（Kolkwitzia amabilis）：在堵河源民主、洪坪、屏峰、公祖、花坪、白河、天台、柳河、桃园、百里河等地海拔700-1400m的山地阳坡灌丛有零星分布。
    3.7 金钱槭（Dipteronia sinensis）：生于海拔700-1600m的山地阳坡灌丛中，在堵河源墨池、屏峰有群落分布，在民主、公祖、花坪、柳河、百里河有零星分布。
    3.8 银鹊树（Tapiscia sinensis）：在堵河源墨池、屏峰、民主、百里河等地海拔900-1600m的山地阳坡灌丛有零星分布。
    3.9 穗花杉（Amentotaxus argotaenia）：在堵河源大湾等地海拔600-800m的沟谷林中有群落分布。
    3.10 八角莲（Dysosma versipellis）：生于海拔1000-2200m的沟谷林中，在堵河源墨池、民主、四方扒、屏峰、柳河、百里河有群落分布。
    3.11 白辛树（Pterostyrax psilophylla）：在堵河源墨池、民主、四方扒、屏峰等地海拔1000-1900m的山坡林中有零星分布。
    3.12 紫茎（Stewartia sinensis）：生于海拔1400-1900m的山坡林中，在堵河源墨池有群落分布，在民主、四方扒、屏峰、百里河有零星分布。
    3.13 长瓣短柱茶（Camllia grijsii）：生于海拔600-900m的山坡林中，在堵河源百里河、柳河有群落分布，在民主、洪坪、屏峰、公祖、花坪、白河、天台、桃园、新街有零星分布。
    3.14 延龄草（Trillium tschonoskii）：在堵河源墨池、民主、四方扒、屏峰、百里河等地海拔1200-2200m的山坡林中有零星分布。
    3.15 华榛（Corylus chinensis）：在堵河源墨池、民主、四方扒、屏峰、百里河等地海拔1100-1600m的山坡林中有零星分布。
    3.16 天麻（Gastrodia elata）：在堵河源墨池、民主、洪坪、四方扒、屏峰、花坪、白河、柳河、百里河等地海拔800-1600m的山坡林中有零星分布。
    3.17 黄连（Coptis chinensis）：生于海拔1100-2000m的山坡林中，在堵河源墨池、屏峰有群落分布，在民主、洪坪、四方扒、花坪、白河、柳河、百里河有零星分布。
    3.18 紫斑牡丹（Paeonia suffruticosa var. papaveracea）：在堵河源民主、屏峰、花坪、白河等地海拔1200-1600m的山坡林中有零星分布。
    3.19 核桃（Juglans regia）：在堵河源墨池、民主、四方扒、屏峰、花坪、白河、柳河、百里河等地海拔800-1200m的山坡林中有零星分布。（郑德国）